С 1986 по 2009 год В.И. Агабабов – режиссер-постановщик Нижегородского государственного академического театра оперы и балета имени А.С. Пушкина; с 1986 года работает в Нижегородской государственной консерватории имени М.И. Глинки (профессор по кафедре оперной подготовки, оркестрового и оперно-симфонического дирижирования).
В 1986 году окончил факультет музыкального театра (режиссура) Государственного института театрального искусства имени А.В. Луначарского (класс профессора, заслуженного деятеля искусств России М.Б. Мордвинова).
С 1994 - главный режиссер Арзамасского муниципального театра оперы.
В НГАТОБ им. А.С. Пушкина им поставлены: «Директор театра» А. Моцарта, опера С. Рахманинова «Скупой рыцарь» (1998г.), опера для детей Б. Кравченко «Ай да Балда!» (1999 г.), оперетта Ф. Легара «Веселая вдова» (2000 г.), театрализованное представление «О тебе все мысли и мечты»(2003 г.). В.И.Агабабов инициатор и постановщик первого сценического воплощения в НГАТОБ им. А.С. Пушкина итальянской оперы на языке оригинала («Паяцы» Р. Леонкавалло, 1997г.). Поставленные В.И.Агабабовым спектакли «Лючия ди Ламмермур» (1993 г.) и «Травиата»(1988 г.) были высоко оценены работавшей в 1993 году комиссией по присуждению театру звания «академический».
В Нижегородской государственной консерватории им. М.И. Глинки на кафедре оперной подготовки В.И.Агабабов поставил спектакли в одном действии: «Кто брат, кто сестра» А. Верстовского-Н.Грибоедова (1988г.), «Медведь» Г. Седельникова (1999 г.), «Рыцарь в серой фланели» Шекли, «Квартира Коломбины» Петрушевской (2003 г.). На всероссийском фестивале «Современная музыка» были показаны поставленные В.И.Агабабовым спектакли «Туда и обратно» П.Хиндемита и «Антиформалистический раек» Д. Шостаковича.
Среди выпускников В.И.Агабабова (всего более 100) – заслуженные артисты России, лауреаты Всероссийских и Международных конкурсов, солисты оперных театров Санкт-Петербурга, Нижнего Новгорода, Саратова, Чебоксар, Ростова-на-Дону, Саранска и др. Его ученики достойно представляют Российское оперное искусство, работая в музыкальных театрах Словакии, Германии, Швеции.
В рамках проекта «Молодая опера», реализуемого Нижегородской консерваторией и Академическим симфоническим оркестром Нижегородской филармонии, В.И. Агабабов вместе с заслуженным деятелем искусств России А.М. Скульским поставил: «Сказку о царе Салтане» Н. Римского-Корсакова (1998г.); оперу А. Даргомыжского «Каменный гость» (1999 г.), исполненную в рамках международного фестиваля им. А. Сахарова; «Волшебную флейту» В. Моцарта (2000 г.); «Проделки Солохи» (по опере Н. Римского-Корсакова «Ночь перед Рождеством») (2003г.).
В Нижегородской государственной академической филармонии Агабабовым поставлены (кроме проекта «Молодая опера»): театрализованный юбилейный вечер к 200-летию А.С. Пушкина(1999г.), «Кофейная кантата» И. Баха, «Квартет» Р. Бойко (2001г.) и спектакль-бенефис «Как стать актрисой» (2002г., "Чародейка" П.И.Чайковского (2009).
В.И. Агабабов является одним из основателей и главным режиссером Арзамасского муниципального театра оперы, открытого в 1994 году. Здесь поставлены: оперы «Травиата», «Риголетто», «Трубадур» Дж. Верди, «Тоска» Дж. Пуччини, «Паяцы» Р. Леонкавалло, «Директор театра» В. Моцарта, «Иоланта» П.Чайковского, «Севильский цирюльник» Дж. Россини, оперетты «Марица» И. Кальмана, «Веселая вдова» Ф. Легара, «Цыганский барон» и «Летучая мышь» И. Штрауса.
